Mengacu pada visi, misi, tujuan, sasaran dan kebijakan, Departemen Dalam Negeri menetapkan 13 (tiga belas) program strategik terbagi atas 8 (delapan) program utama dan 5 (lima) program penunjang, meliputi:
(Program Utama)
Program Penguatan Integrasi Nasional;
Program Pengembangan Manajemen Perlindungan dan Ketentraman Masyarakat, serta Ketertiban Umum;
Program Fasilitas dan Pemantapan Implementasi Kebijakan Desentralisasi dan Otonomi Daerah;
Program Pemantapan Pengelolaan Keuangan Daerah;
Program Pengembangan Kelembagaan dan Sistem Politik Demokratis:
Program Peningkatan Keberdayaan Masyarakat dan Penanggulangan Kemiskinan:
Program Pembinaan Pembangunan Daerah dan Wilayah;
Program Pengembangan dan Pembinaan Administrasi Kependudukan.
(Program Penunjang)
Program Pengembangan kerjasama internasional;
Program Pembinaan dan Penegakan Hukum serta Peningkatan Kepemerintahan yang baik;
Program Penelitian dan Pengembangan Pemerintahan dan Politik Dalam Negeri;
Program Peningkatan Kapasitas SDM Aparatur;
Program Peningkatan Kelembagaan Pengelolaan Sumber Daya Alam dan Konservasi Lingkungan.
